El club fue fundado en 1905 por un grupo de jóvenes amigos cuya pasión era jugar al fútbol y lo llamaron Colón Football Club, ya que uno de ellos estaba estudiando la historia del descubrimiento de América.

Su primera ubicación fue un terreno baldío situado entre las calles Moreno y Córdoba (actual Juan De Garay) y era conocida por todos como el "campito".

El rojo y el negro provienen de una barcaza en reparación que se encontraba en las inmediaciones del "campito", otra versión aportada por Geáda Montenegro, uno de los fundadores del club, sostiene que en la elección de los colores tuvieron como referencia a Newell´s Old Boys. Esos colores posteriormente estuvieron es disputa en un partido contra otro club que había adoptado los mismos. Esta puede ser considerada la primera victoria importante de Colón ya que le permitió seguir vistiendo la sangre y luto hasta el día de hoy.

En 1912 se conforma formalmente la Comisión directiva, lo que significó un paso previo para que un año más tarde, el club se afilie a la Liga Santafesina de Football.

En su primer campeonato (1913), sale campeón invicto y comienza a forjarse la paternidad, ya que en le primer clásico Colón venció a los tatengues por 5 a 1.

En 1920 fue reemplazado el nombre por el actual: Club Atlético Colón.

En 1948 ingresó a la 2° División de Ascenso de la AFA.

El 1° de agosto de 1948 se disputa el primer clásico oficial en un torneo de la A.F.A y lo gana el negro por 1 a o.

En 1964 se produjo la recordada victoria ante el Santos de Pelé. El equipo santafesino que había perdido el dia anterior con Platense, le treminó ganando a uno de los equipos del mundo por 2 a 1.

Ascendió en 1965 a 1° División con el inolvidable equipo del uruguayo Etchegoyen.

El Negro descendió en el 81 y tras 15 años de esfuerzos y el apoyo de su gran hinchada volvió con toda la gloria en 1995.

Colón de Santa Fe es hoy en día protagonista en todos los torneos de AFA, ya jugó en la Libertadores y uno de estos días va a ser campeón.